Dňa 21. januára 2002 sa začala písať história evanjelického gymnázia, keď rozhodnutím Dištriktuálneho presbyterstva Východného dištriktu Evanjelickej cirkvi augsburského vierovyznania na Slovensku a na základe zaradenia do siete stredných škôl v SR rozhodnutím MŠ SR pod číslom listu 582/2001–45/2001 gymnázium vzniká.

Brány evanjelického gymnázia sa pre študentov prvýkrát otvorili 1. septembra 2002. Prvými žiakmi, ktorí zasadli do lavíc, boli študenti 8-ročného a 4-ročného štúdia s rozšíreným vyučovaním anglického jazyka. V septembri 2003 gymnázium otvára pre žiakov prvýkrát 5-ročný bilingválny program. Prvého augusta 2006 dochádza k spojeniu zložiek Evanjelickej základnej školy biskupa Jura Janošku a Evanjelického gymnázia Juraja Tranovského, ktoré sú podnes matersky a organizačne prepojené. Od septembra 2012 sa strategicky a vizionársky pretransformoval 4-ročný program na program s rozšíreným vyučovaním cudzích jazykov a ekonomiky pre potreby trhu práce.

V súčasnosti ponúka Evanjelické gymnázium Juraja Tranovského tieto študijné odbory:

• 4-ročný program s rozšíreným vyučovaním cudzích jazykov a ekonomiky
• 5-ročný bilingválny program (anglicko-slovenský)
• 8-ročný bilingválny program (anglicko-slovenský)